王晓君诉中国化学工程深圳公司（下称：中化公司）拖欠工程款纠纷一案，即反映出前述的问题。1995年，中化公司曾将某项工程分包给依奥特公司，而后没有结清工程款。依奥特公司因1996、1997年度未年检，被工商局吊销营业执照，没有组织清算。2000年2月，依奥特公司股东王晓君、陈敬湘对公司债权债务的清理达成协议，约定由王晓君清理依奥特公司的债权债务。王晓君据此起诉中化公司，请求判令中化公司偿付尚欠依奥特公司的工程款84万元给王晓君。该案深圳市罗湖区人民法院一审审理认为，原告提供的证据不足以证明某工程系由依奥特公司完成且存在欠款关系，判决驳回原告王晓君的诉讼请求。王晓君不服原审判决，上诉至深圳市中级人民法院。二审合议庭认为，依奥特公司是具有独立法人资格的有限责任公司，该公司被吊销营业执照后，应按有关法律规定成立清算组，清理公司所有财产、债权、债务及参与诉讼。该公司股东以协议约定由王晓君主张权利的方式提起诉讼，而没有依《公司法》规定的程序组织清算，没有全面履行法定的补交税费、清偿其他债务等义务，是规避法律的行为。因此认定，依奥特公司两股东达成的清理债权债务协议无效，王晓君直接行使依奥特公司的民事权利没有合法依据。二审法院作出终审裁定，撤销原审判决，驳回王晓君的起诉。
二审法院对上述案件的处理，充分贯彻了《公司法》对公司清算制度的立法意图，严格要求终止的企业必须进入清算程序才能由清算组催收债权，有效地实现了怠于清算的企业及其股东与其他债权人、债务人之间权利义务的平衡。
二、股东、营业法人与清算法人的区别
在有限责任公司的法律关系中，股东与企业法人（营业法人）的权利义务有清晰的界限。在财产所有权方面，股东对企业财产的终极所有权仅表现为股权，与企业法人财产权严格分离，"股东不仅不能直接占有，而且也不能直接支配由自己的投资所形成的公司财产"。在债务责任方面，股东仅以注册登记的出资额为限，承担有限责任。企业法人具有独立的人格意志，股东的意思表示不等同于企业的意思表示，而只能通过其委派到企业中去的代表，按投资份额享有的投票权来影响企业法人的意志和行为。在企业法人因故终止进入清算阶段后，股东与被清算的企业法人仍不能混同。此时股东照样不能随意支配企业的财产，按《公司法》第195条的规定，在未清偿所有债务前，股东不能分配企业的剩余财产。在已投足注册资本的前提下，股东无须以自己的其他财产为企业清偿债务。股东也只能通过在清算组织中的代表来表达其意志，间接影响清算行为。正因为这样，有限责任的企业法人比无限责任的企业组织，具有更严密的组织结构和运作模式，具有更好的商业信用，在现代市场经济中具有更明显的发展优势。
清算法人是专指企业法人发生终止的事由后，由股东或股东的代表、有关机关及有关专业人员组成的，负责对该企业法人的财产进行保管、清理、估价、处理、清偿等清理工作的清算组织，一般称为清算组或清算委员会。清算组织之所以具有独立法人资格，是因为该组织不仅必须经工商机关登记成立，具有常设的组织机构，其公章经正式备案刻制，而且具有开展清算工作的全部民事权利能力和行为能力，在清算阶段具有法定的权利义务，完全取代原营业阶段的企业法人对外表达意志，独立行使民事权利，管理原企业法人的财产，并以清理所得的财产承担民事责任。赋予清算组织独立的法人资格具有特殊的积极意义，只有这样才能有效排除股东直接清算、或企业自行清算的不良影响。
股东在企业进入清算阶段的责任应该是组织成立清算法人，以清算法人为清算行为主体，而不是股东直接成为清算主体。有观点将股东等同于清算主体，实际上是将股东组织成立清算组的义务等同于对终止企业进行清算的义务，混淆了股东与清算法人的界限。这种理论前提推导而得的结论是股东不必通过成立清算组织，就可以直接清理终止的企业财产，包括起诉和应诉。这一论断显然忽略了股东、企业与其他债权人、债务人的关系平衡问题，使股东处于极其有利的地位，有可能仅选择对其有利的行为（如主张债权并直接受偿），而不象清算组一样公告通知债权人。同时亦会将企业的财产和应收帐款混同为股东的财产。这样就会在清算阶段破坏有限责任公司制度，使其丧失原有的商业信用，也使第三人缺乏交易安全的最后保障。所以股东确实不宜定位为直接的清算行为主体。
